MSW rozpoczynając prace nad CEPiK 2.0 nie sporządziło studium wykonalności ani kalkulacji wartości przedmiotu zamówienia i oparło się wyłącznie na ofercie sporządzonej przez Centralny Ośrodek Informatyki (COI).

Minister Cyfryzacji przejęła na początku 2016 r. nadzór nad realizacją CEPiK 2.0, wskazała istotne nieprawidłowości i podjęła działania naprawcze, jednak zdaniem NIK, działania te nie były w pełni skuteczne.

W umowie między COI a MSW pierwotną wartość prac przy budowie systemu CEPiK 2.0 oszacowano na nieprzekraczalną kwotę 149,9 mln zł brutto. W podpisanym przez MC Aneksie nr 3 do pierwotnej umowy kwota ta została zwiększona do 192,5 mln zł (tj. o 28,4%). Wzrost wartości budowy CEPiK 2.0 o kwotę 42,3 mln zł uzasadniano potrzebą wykonania dodatkowych prac. Zdaniem NIK, w MC nie dokonano należytej weryfikacji zasadności zwiększenia wynagrodzenia dla COI, gdyż większość prac (na kwotę 38,5 mln zł) objętych Aneksem była już wcześniej uwzględniona i powinna być wykonana w ramach pierwotnej umowy.

COI nierzetelnie zarządzał zagrożeniami związanymi z realizacją CEPiK 2.0, gdyż nie określił kluczowych ryzyk dla budowy tego systemu, np. nie uwzględnił kwestii jakości tworzonego oprogramowania. Ryzyko to wystąpiło w 2016 r., w związku z czym konieczne było ponowienie przez COI w 2016 r. części prac programistycznych.

NIK zwróciła uwagę na niski stan zaawansowania etapów CEPiK 2.0. przewidzianych do uruchomienia w 2018 r., tj. kolejne e-usług dla systemu - 9% (Etap III) i uruchomienie Centralnej Ewidencji Kierowców - 3% (Etap IV). Tak niski stan zaawansowania prac stwarza ryzyko, że prace w ramach tych etapów nie zostaną zakończone w zakładanych terminach.