Na polecenie Ministra Obrony Narodowej Antoniego Macierewicza, Pełnomocnik Ministra Bartłomiej Misiewicz wraz z oficerami Służby Kontrwywiadu i Żandarmerii Wojskowej uniemożliwił próby wykorzystania procesu organizowania Centrum Eksperckiego Kontrwywiadu NATO (CEK NATO) do realizacji działań noszących znamiona przestępstwa przez grupę byłych oficerów SKW z okresu rządów Platformy Obywatelskiej. Oficerowie ci wynosili niejawne dokumenty, które następnie przechowywali w pomieszczeniach niespełniających warunków określonych w ustawie o ochronie informacji niejawnych. W pomieszczeniach tych gromadzili także część dokumentacji związanej z ich współpracą z FSB, a także materiały dotyczące tragedii smoleńskiej. Wszystkie te działania były przeprowadzone pod pozorem tworzenia CEK NATO, które nie miało jeszcze akredytacji, i którego pomieszczenia nie pozwalały na zorganizowanie tam pracy tej instytucji.

Decyzje podejmowane na polecenie Ministra Obrony Narodowej przez Pełnomocnika Bartłomieja Misiewicza, a także oficerów SKW i ŻW, realizowane były zgodnie z prawem w celu uniemożliwienia działań mających znamiona przestępstwa.

W sprawie złamania tajemnicy państwowej, bezprawnego wynoszenia dokumentów niejawnych prowadzi postępowanie, a w sprawie nielegalnej współpracy z FSB prokuratura postawiła zarzuty karne byłym oficerom: generałowi P. Pytlowi i pułkownikowi K. Duszy.

Centrum Eksperckie Kontrwywiadu NATO powstało we wrześniu 2015 r. z inicjatywy Polski i Słowacji, przy współudziale Chorwacji, Czech, Litwy, Niemiec, Rumunii, Słowenii, Węgier i Włoch, ma siedzibę w Krakowie i jest na ostatnim etapie akredytacji przy NATO. Obecnie oczekuje na zatwierdzenie decyzji o akredytacji przez Radę Północnoatlantycką.

W dniach 17-18 października 2016 r. w Centrum Eksperckim Kontrwywiadu został przeprowadzony audyt zespołu oficerów Dowództwa ds. Transformacji NATO (Norfolk USA), który potwierdził osiągnięcie zdolności Centrum do realizacji zadań zgodnie z założeniami przyjętymi w koncepcji funkcjonowania.

Dzięki przeprowadzonym zmianom kadrowym i organizacyjnym, CEK NATO działa zgodnie ze swoim przeznaczeniem i realizuje zadania, do których zostało powołane.

Ministerstwo Obrony raz jeszcze podkreśla, że bez determinacji i sprawności Pełnomocnika MON oraz funkcjonariuszy biorących udział w zapobieganiu działań noszących znamiona przestępstwa, nie byłoby wówczas możliwe pełne zagwarantowanie bezpieczeństwa państwa.