Nowe przepisy przewidują także wydzielenie w Policji służby odpowiadającej za prowadzenie działań kontrterrorystycznych, czyli działań wobec sprawców, osób przygotowujących lub pomagających w dokonaniu przestępstwa o charakterze terrorystycznym. Nowo powołana służba podlegać będzie bezpośrednio komendantowi głównemu Policji i składać się z Centralnego Pododdziału Kontrterrorystycznego Policji „BOA” oraz samodzielnych pododdziałów kontrterrorystycznych Policji.

W celu ujednolicenia działania systemu samodzielnych pododdziałów kontrterrorystycznych Policji zdecydowano, że dowódca „BOA” będzie koordynował przygotowanie sił i środków do realizacji działań kontrterrorystycznych. Obecnie działania takie realizowane są przez niezależne względem siebie pododdziały antyterrorystyczne Policji – Biuro Operacji Antyterrorystycznych Komendy Głównej Policji oraz 17 samodzielnych pododdziałów antyterrorystycznych Policji.

Dla zwiększenia skuteczności reagowania na zdarzenia o charakterze terrorystycznym, projekt ustawy przewiduje, że działania kontrterrorystyczne realizowane przez „BOA” i samodzielne pododdziały kontrterrorystyczne Policji będą miały pierwszeństwo przed innymi czynnościami realizowanymi przez te jednostki. Dodatkowo, aby zapewnić odpowiedni dobór kadry kierowniczej do służby kontrterrorystycznej wskazano, że dowódca „BOA” i jego zastępcy będą powoływani przez komendanta głównego Policji spośród oficerów służby kontrterrorystycznej.

Kolejną ważną zmianą przewidzianą w projekcie ustawy jest możliwość odstąpienia od przestrzegania zasad bezpieczeństwa i higieny służby (z zachowaniem wszelkich dostępnych w danych warunkach zabezpieczeń), jeżeli w czasie wykonywania zadań służbowych policjant służby kontrterrorystycznej stwierdzi, że istnieje prawdopodobieństwo uratowania życia ludzkiego lub odwrócenia zagrożenia godzącego w bezpieczeństwo państwa. Przepis ten pozwoli na wykorzystanie wszelkich środków do ratowania życia przez policjantów służby kontrterrorystycznej. Podobne rozwiązanie zastosowano w ustawach regulujących funkcjonowanie Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego, Agencji Wywiadu, Centralnego Biura Antykorupcyjnego, Służby Kontrwywiadu Wojskowego oraz Służby Wywiadu Wojskowego.

Nowe przepisy będą obowiązywać po 3 miesiącach od daty ich ogłoszenia w Dzienniku Ustaw.