Po pożarze, pod zarzutem sabotażu, Urząd Bezpieczeństwa aresztował ponad 200 osób - głównie reemigrantów z Francji, którym zarzucono współpracę z obcym wywiadem i podpalenie hali. Szefem siatki wywiadowczo-dywersyjnej miał być Jean Bastard – Francuz mieszkający w Elblągu. Część aresztowanych nie miała żadnych związków z Zamechem, ich aresztowania miały charakter polityczny. W więzieniach torturami wymuszano zeznania . Skazano łącznie 31 osób, w tym pięć na karę śmierci. Dwie osoby nie wyszły żywe z więzienia. Prześladowano około tysiąca. Był to najbardziej odczuwalny w Elblągu akt stalinowskiego terroru.

Przez wiele lat o wydarzeniach w Elblągu nie można było mówić głośno. Dopiero w latach 90. sprawa odżyła, wtedy też postawiono pomnik i umieszczono pamiątkowa tablicę na skwerze przy dawnym Zamechu, który obecnie nosi nazwę Skweru Ofiar Sprawy Elbląskiej. W rocznicę wydarzeń sprzed 65 lat na skwerze zabrali się m.in. rodziny poszkodowanych elblążan, przedstawiciele władz miasta, wojska, samorządowcy, a pod pamiątkową tablicą złożone wieńce i kwiaty.

„Sprawa Elbląska” do dziś nie została w pełni wyjaśniona. Doczekała się jednak przeniesienia na deski teatru. Spektakl "Matnia - sprawa elbląska" jest przygotowywany na rozpoczęcie nowego sezonu teatralnego, a jego prapremierę zaplanowano na 5. września. Jego głównym bohaterem jest Janek Masłowski, czyli Józef Olejniczak, który otrzymał wówczas wyrok jedenastu lat więzienia, z czego przesiedział sześć. Autorem dramatu jest Mirosław Dymczak, szef elbląskiego oddziału Głosu Wybrzeża w latach 70., współinicjator powstania legendarnego klubu „Czerwona Oberża” i Biennale Form Przestrzennych.