Po kompleksowej przebudowie obiekt będzie przyjazny dla podróżnych, z poczekalniami na peronach, windami, ruchomymi schodami i sklepikami.
Na rewitalizacje dworca miasto ogłosiło przetarg. W końcu, po rozstrzygnięciu procedury odwoławczej, wybrano wykonawcę - firmę Fijałkowski z Torunia. Dworcowa odnowa będzie kosztowała 43,5 mln zł. Wykonawca ma za zadanie zaprojektowanie i wykonanie rewitalizacji dworca wraz ze sprawowaniem nadzoru autorskiego nad realizacją wykonywanych robót budowlanych. Prace powinny zakończyć się do 30 kwietnia 2015 r.

Po rewitalizacji dworzec zyska nowe – przyjazne podróżnym - oblicze. Dworcowe budynki zostaną kompleksowo odnowione. W hallu kasy biletowe zostaną przesunięte w stronę obecnej poczekalni, a ta przeniesiona bliżej obecnych pomieszczeń restauracji. Dzięki temu powstanie miejsce pod funkcje komercyjne. Dostać się tam będzie można przejściem podziemnym, które zostanie poszerzone i przedłużone do ul. Podgórskiej. W podziemiach także będą się mogły mieścić niewielkie sklepiki i punkty usługowe. Do hallu wjeżdżać się będzie ruchomymi schodami lub windą dostosowana do potrzeb osób niepełnosprawnych.

Przebudowane zostaną również perony. Wszystkie będą zadaszone i wyposażone w tzw. azyle, czyli przeszkolone pomieszczenia, w których podróżni będą mogli czekać na pociąg. Niepełnosprawni dostaną się na nie windami lub ruchomymi schodami. Na terenie dworca działał będzie hot spot, znajdą się także przewijaki dla niemowląt i powstanie system dynamicznej informacji pasażerskiej. Dodatkowym ułatwieniem dla podróżnych będzie nowa, zintegrowana pętla komunikacji miejskiej z parkingiem, na którym podróżny będzie mógł zostawić auto i dalej jechać pociągiem.

Po zakończeniu rewitalizacji dworzec przejdzie w ręce miejskiej spółki Urbitor, która będzie nim zarządzała i o niego dbała.

Inwestycja będzie realizowana w ramach projektu „Integracja systemu transportu miejskiego wraz z zakupem taboru tramwajowego w Toruniu - BiT-City”. Ma ona przywrócić dworcowi dawną świetność, zmienić układ funkcjonalno-przestrzenny i sprawić, że poprawi się jakość podróżowania. Projekt będzie w prawie 59% dofinansowany ze środków Unii Europejskiej.