19 października 1984 ks. Popiełuszko wraz ze swoim kierowcą Waldemarem Chrostowskim zostali uprowadzeni przez funkcjonariuszy „D” Departamentu IV Ministerstwa Spraw Wewnętrznych. Było to niedaleko wsi Górsk w gminie Zła Wieś, w powiecie toruńskim.

Waldemarowi Chrostowskiemu udało się uciec z kabiny samochodu a ks. Jerzego Popiełuszkę oprawcy skrępowali i wrzucili do bagażnika. 30 października z zalewu na Wiśle koło Włocławka wyłowiono jego zwłoki. Ręce miał skrępowane tak, by próby poruszania nimi zaciskały pętlę na szyi. Ciało obciążone było workiem wypełnionym kamieniami. Zbadano je w Zakładzie Medycyny Sądowej Akademii Medycznej w Białymstoku, gdzie stwierdzono min ślady torturowania. W procesie sądowym w Toruniu,w lutym 1985 trzej oficerowie MSW: kpt. Grzegorz Piotrowski, por. Leszek Pękala i por. Waldemar Chmielewski zostali oskarżeni i skazani za uprowadzenie, torturowanie i zabójstwo ks. Jerzego Popiełuszki na wieloletnie wyroki więzienia zaś ich przełożony płk Adam Pietruszka – za sprawstwo kierownicze zbrodni. Obecnie wszyscy skazani są na wolności. Grób Jerzego Popiełuszki znajduje się przed frontonem kościoła św. Stanisława Kostki w Warszawie. Jest on od lat 80. XX wieku celem licznych pielgrzymek i oficjalnych wizyt. 14 czerwca 1987 modlił się przy nim papież Jan Paweł II. Proces beatyfikacyjny księdza Jerzego Popiełuszki oficjalnie otwarto 8 lutego 1997 w kościele pw. św. Stanisława Kostki w Warszawie, a etap diecezjalny procesu zakończono dokładnie cztery lata później. Według Wikipedii w 73 polskich miastach znajdują się ulice ks. Jerzego Popiełuszki, ponadto 4 ronda i 3 place. 21 szkół w Polsce i dwie polonijne przybrały sobie go za patrona. Jego postać upamiętniało 70 pomników, w tym 8 poza granicami kraju. ( wg stanu w 2009 r.)