Rada Ministrów w swoim stanowisku zwraca uwagę między innymi na to, że jakiekolwiek inicjatywy prowadzące do zmian struktury polskiego szkolnictwa wyższego - ze względu na niż demograficzny - powinny być ukierunkowane na tworzenie dużych ośrodków akademickich, a więc zmierzać do konsolidacji uczelni i współpracy między nimi. Projekt jest sprzeczny z tą ideą, tym samym jego realizacja przyczyniłaby się do osłabienia międzynarodowej pozycji polskiego szkolnictwa wyższego.

W opinii rządu projekt zawiera ponadto liczne uchybienia formalnoprawne; przede wszystkim nie spełnia warunku określonego w art. 34 ust. 2 uchwały Sejmu RP z dnia 30 lipca 1992 r. Regulamin Sejmu RP (M.P z 2012, poz. 32 z późniejszymi zmianami), tj. nie zwiera odpowiedniego uzasadnienia, w szczególności: nie wyjaśnia potrzeby i celu wydania ustawy, nie przedstawia rzeczywistego stanu w dziedzinie, która ma być unormowana, nie wykazuje różnicy pomiędzy dotychczasowym a projektowanym stanem prawnym, nie przedstawia przewidywanych skutków społecznych, gospodarczych, finansowych i prawnych, nie wskazuje źródła finansowania, nie przedstawia wyników przeprowadzonych konsultacji, w tym przede wszystkim konsultacji z organami kolegialnymi UMK.

Rada Ministrów w swej opinii wyraża także wątpliwości dotyczące oceny przez projektodawców skutków finansowych utworzenia Uniwersytetu Medycznego w Bydgoszczy. Według Rady Ministrów koszty proponowanych zmian mogą być znaczne i wiązałby się m.in. z obsadą władz rektorskich, zorganizowaniem władz administracyjnych, wydzieleniem infrastruktury informatycznej, licencjami i innymi prawami niematerialnymi, z których obecnie CM korzysta w ramach UMK, a także możliwymi odprawami dla pracowników, wymianą druków dokumentów, pieczęci i tablic oraz - przede wszystkim - z odszkodowaniem z tytułu faktycznego wywłaszczenia UMK ze znacznej części majątku stanowiącego jego niekwestionowaną własność.